O restauro da Catedral da Sé, afora as tarefas específicas de recuperação de seus elementos artísticos agregados, enfrentou duas ordens de questões.

A primeira, de ataque a problemas de deterioração e desestabilização física: movimentação estrutural, fissuras, infiltração de água, ataque de insetos xilófagos nas partes de madeira, deterioração de caixilhos e vitrais, entre  outros.

A segunda, de complementação das diversas partes não executadas do projeto original do arquiteto Maximiliano Hehl, de 1912, bem como de adaptação interna para o cumprimento de  novas funções, além das religiosas.

O estudo inicial propunha a construção dos torreões e agulhas não executados em cristal translúcido, em azul profundo, com iluminação interna, distinguindo-se como intervenção contemporânea, que resgataria apenas a volumetria original, agregando ao edifício novas características como referência urbana.

No entender da Cúria Metropolitana, esta solução não atenderia à expectativa de ter-se a Catedral acabada tal como projetada originalmente, o que pressupunha contar com uma base documental consistente que, desde 1954, não era encontrada. O achado ocasional de cópias de esboços do projeto, cobertas pelo entulho existente sob o Coro, permitiu o desenvolvimento de um trabalho de interpretação da concepção inicial de todos aqueles elementos, á luz da linguagem utilizada nas partes construídas, para a produção dos desenhos de sua complexa geometria e a escolha dos métodos construtivo-estruturais contemporaneamente adequados à sua execução.

O imenso acervo artístico de esculturas, talhas, mosaicos, mobiliário, utensílios e paramentos da Catedral, incluindo o rico e diversificado trabalho de cantaria de pedra lavrada e esculpida, com todos os seus componentes dotados de intenção e significado religiosos, ensejaram a proposta de inventário e identificação de todos eles. O objetivo seria o de criar roteiros de visitação interna e externa, nas coberturas inclusive, no bojo de projeto museológico que transmitisse à população e aos visitantes em geral, o conhecimento assim acumulado sobre a Catedral, a antiga Matriz colonial demolida e substituída pela Sé e o papel exercido pelas duas na formação do centro histórico paulistano, utilizando também o topo de uma das torres como mirante, a 360 graus, da paisagem urbana de São Paulo.

Em futuro próximo, com suporte em prospecções arqueológicas na Praça da Sé e entorno imediato, poderia ser revelado e assinalado em sua pavimentação, o traçado do arruamento do antigo centro e, eventualmente, a exibição dos vestígios porventura existentes, evidenciando para qualquer observador a diferença de escala e configuração entre os espaços da aldeia rústica do passado e os da metrópole que sobre ela foi erguida.